The Matrix, se muestra marcadamente influenciada por el animé de 1995 Ghost in the Shell; un manga llevado al cine de la mano de Mamoru Oshii en 1995: Ghost in the Shell y 2004 Ghost in the Shell: Innocence. Ambas películas presentan las siguientes similitudes:
- La lluvia digital de la Matrix (los patrones de texto verde que caen representando el código de la Matrix) reestructuran el opening del primer film Ghost in the Shell estrenado en 1995 (4 años antes que The Matrix).
- Durante la escena del comienzo en la que Trinity escapa de los agentes, en la toma donde aterriza sobre el techo es casi idéntica a la toma en que la mayor Kusanai persigue al primer 'títere' en la primer película.
- La toma en la que el primer 'titere' escapa de Batou en el mercado en la primer Ghost in the Shell y la toma en la que Neo escapa de un trio de agentes en el mercado. Ambas tomas coinciden en la explosión de sandías y en los civiles aterrorizados por el fuego cruzado de la persecución.
- El famoso tiroteo del lobby, que presenta a Neo y Trinity protegiéndose del fuego detrás de unos pilares de piedra y la escena de GITS donde Kusanagi lo hace durante su batalla contra el tanque.
- También existe una clara relación entre el concepto de la Matrix y los cerebros interconectados cibernéticamente como inconsciente colectivo presentados en GITS.
- Hay similitudes entre los argumentos de ambas películas. En GITS, al comienzo Kusanagi busca al Puppet Master para arrestarlo, mientras que sobre el final de la película, se revela que en realidad es el Puppet Master quien busca a Kusanagi para fusionarse con ella. En The Matrix, Neo es quien al comienzo busca a Morpheus, cuando finalmente lo encuentra, Morpheus le confiesa que en realidad era él quien estuvo buscando toda su vida al "Elegido" (Neo).
- Ambas series manejan mitologías similares, así como sus temas y arquetipos están relacionados con el libro Neuromancer de William Gibson y otras de sus historias.
